Ce travail propose d’analyser les liens entre géomorphologie et hydrogéologie des réseaux karstiques sur la base de données en 3D. Le site d’étude est le réseau karstique souterrain du Verneau (Jura français), qui a la particularité d’être quasi-intégralement pénétrable et reconnu topographiquement. L’étude du contexte géologique local et des indices karstogénétiques nous a permis d’en proposer différentes compartimentations : synclinaux et zones de passage, conduits fossiles et conduits actifs, collecteur principal et affluents. Une analyse quantitative de la géométrie du réseau dans chaque compartiment a alors été réalisée à l’aide du logiciel open-source Karstnet. Elle permet de démontrer que ces compartimentations se traduisent par des caractéristiques géométriques (orientation des conduits) et topologiques (organisation du réseau) significativement différentes. Il existe donc une compartimentation morphologique au sein du réseau du Verneau qui a évolué avec le temps. Une étude des variations des niveaux d’eau en différents points du réseau a montré qu’il existe une variabilité spatiale de la réponse hydrologique, cohérente avec la compartimentation morphologique identifiée dans cette étude. Nos résultats permettent de proposer un premier schéma conceptuel du Verneau.