Les bactéries présentent de formidables capacités d’adaptation, tant physiologiques que génétiques, à leurs différents environnements et aux stress auxquelles elles peuvent être exposées. L’un des bouleversements récents les plus notables dans le monde bactérien a été et reste l’utilisation massive des antibiotiques par l’Homme. Les infections causées par les bactéries antibiorésistantes sont en passe de devenir d’ici quelques années la première cause mondiale de mortalité devant le cancer. Si les différents mécanismes mis en jeu par les bactéries pour s’adapter à la pression antibiotique ont été identifiés in vitro et que ces approches restent primordiales, les observations réalisées doivent être confrontées à la réalité de situations plus complexes comme celles permises par l’analyse de communautés microbiennes naturelles maintenues en microréacteurs. Ainsi, la cooccurrence de phénomènes identifiés indépendamment permet de déterminer lesquels prévalent en conditions environnementales. A titre d’exemple, la minoration des fréquences de conjugaison par le phénomène d’immunité à la surinfection, qui a été observé et décrit in vitro, n’est pas prépondérant lors de transfert de gènes entre bactéries de communautés naturelles où un portage et une préadaptation aux gènes transférés deviennent plutôt un avantage sélectif. Le travail désormais développé s’attèle notamment à obtenir une vision plus globale de transfert de gènes d’antibiorésistance dans les communautés naturelles grâce à la prise en compte de phénomènes peu étudiés comme la transduction par les phages ou l’impact des bactéries sur leurs propres compartimentations et devenir dans les environnements naturels tels que les rivières.